球员生涯
　　曾效力球队：本菲卡，马尔迪莫，埃斯托里尔 　　左后卫桑托斯在家乡球队本菲卡开始自己的职业生涯，之后在马尔迪莫和埃斯托里尔度过两个赛季，1975年退役。
        教练生涯
　　曾执教球队：埃斯托里斯，阿马多拉，波尔图，雅典AEK（两次），帕纳辛奈科斯，里斯本竞技，本菲卡，帕奥克，希腊 　　退役后费尔南多·桑托斯离开足坛成为一名技术员——考取了电机工程和通讯学的博士——1987年桑托斯重返足坛，接管老东家埃斯托里斯。在那里一待就是七年，两次带领球队晋级葡萄牙顶级联赛。 　　
       然后在阿马多拉度过四年，1998年加盟波尔图。第一个赛季就帮助球队夺得联赛冠军，外加两座杯赛冠军。2001年他转投雅典AEK，02年夺得希腊杯冠军。 　　
       2002年夏天他加盟帕纳辛奈科斯，但仅仅是短暂的停留。2003/04赛季他回到家乡执教里斯本竞技，2004年夏与雅典AEK再续前缘，帮助球队重回正轨。2006年他接过本菲卡教鞭，仅一年后，2007年9月再次来到希腊，担任PAOK沙朗厉基队主教练。 　　
       2009/10赛季他带领球队勇夺联赛亚军，赢得冠军联赛第三轮资格赛的名额。2010年5月他宣布离开球队，7月1日取代雷哈格尔成为希腊国家队主帅。

       2010年5月他宣布离开球队，2010年7月1日取代雷哈格尔成为希腊国家队主帅。
       2014年9月，桑托斯正式出任葡萄牙队主教练。
       2016年7月11日凌晨，在费尔南多·桑托斯的带领下，葡萄牙国家队在法兰西大球场通过120分钟加时赛艰难战胜东道主法国国家队，夺得2016年欧洲足球锦标赛冠军，这是葡萄牙国家队在洲际大赛上第一次夺冠。